A coleção presente no espaço é uma das mais importantes do mundo e é, em grande parte, desconhecida pelo público – assim como o antigo Hôtel de Vendôme, onde o museu fica localizado. Para ter acesso ao espaço de 1.000 metros quadrados, o visitante precisa entrar na École des Mines e subir uma escadaria de mármore para chegar na sala.

Os minerais são dispostos em armários de carvalho húngaro, em gabinetes de curiosidades, de acordo com sua família, composição química e segundo o sistema de classificação internacional. Desde sua criação, em 1783, os responsáveis pela organização do museu são os professores e estudantes de engenharia da École des Mines. 

Das 100 mil amostras, apenas 45.000 são exibidas, algumas delas consideradas raríssimas, como as duas azuritas, o cristal de peridoto e a brasilita. Em adição, o acervo conta ainda com minerais das campanhas napoleônicas ao Egito. Além disso, três vitrines são exclusivamente dedicadas às joias da coroa real francesa, podendo conhecer as 42 esmeraldas de Muzo que adornaram a coroa de Napoleão III, e as ametistas da imperatriz Marie-Louise.

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